Conan là đứa trẻ duy nhất được sinh ra trên Đảo Tàn dư, nơi định cư của một nhóm người tị nạn trong khi họ chạy trốn làn sóng bom từ kinh hoàng đã quét sạch phần lớn nhân loại. Sau 20 năm, hầu hết những người bị thiến đều đã chết, chỉ còn lại Conan và ông già thông thái đã nuôi nấng cậu. Tin rằng Đảo Tàn dư là nơi có người sinh sống cuối cùng trên Trái đất, Conan bị sốc khi phát hiện ra một cô gái trẻ tên Lana một ngày nọ dạt vào bãi biển. Mặc dù rất vui mừng khi biết rằng loài người đã sống sót, Lana nói với anh rằng quốc gia Công nghiệp muốn cô làm con tin để buộc ông nội cô, Tiến sĩ Lao, cung cấp năng lượng cho máy móc của họ. Cuộc trò chuyện của họ bị cắt ngắn khi phi công hàng đầu của Industria, Monsley, bất ngờ xuất hiện và bắt giữ Lana. Quyết tâm cứu cô, Conan ngay lập tức khởi hành từ Đảo Tàn Tích và bắt đầu cuộc hành trình cuối cùng sẽ quyết định số phận của thế giới.